物理防治。种植西瓜田块应该与非瓜类作物进行轮作，施足底肥,多施腐熟的有机肥,配合氮、磷、钾合使用,勿偏施氮肥,平衡配方施肥,增强植株长势;选择排灌良好的地块种植,遇雨后及时摘除病叶,收获后彻底清理瓜园病残体及地边杂草,集中深埋或烧毁,以减少病源，并且园地喷施护树大将军消毒杀菌，减少病害的发生。选择沟栽或者高垄种植,若盐渍化比较重的地块可采用沟垄种植,即开宽80厘米、深20厘米的沟,在沟底部作宽50厘米、高10厘米的小垄,浇水时水既能从苗茎部流过,降低其周围的盐含量,又能在浇水后避免苗茎部周围积水同时又可降低发病率。
化学防治。瓜蔓枯病防治可用40%氟硅唑乳油3000-5000倍液+65%代森锌可湿性粉剂600倍液+800倍液新高脂膜喷雾7-10天喷1次,连喷2-3次;对发病较重的植株,先用刀刮去腐烂组织,再对腐烂部位涂抹护树大将军母液可抑制植株气传性病毒生成和传播路径，提升植物免疫力和健康指数。