根结线虫病是芹菜的主要病害，仅在局地发生，一旦发生，染病率极高，轻则造成减产，重则全部绝收。
一般情况下，根结线虫病只在根部发生，幼苗期主要侵害主根，成株期和半成株期多侵害幼嫩侧根和细根。根部受害时形成瘤状根结，主要表现为生长不良、矮小，空气干燥时植株萎蔫。一般可采取如下防治措施：1.彻底清洁田园。2.轮作换茬，实行与葱、蒜、韭菜、辣椒等抗耐病蔬菜轮作，降低土壤中线虫数量。3.客土育苗，选择未发生过根结线虫的地块育苗，防止根结线虫通过土壤传播。4.棚内土壤高温消毒，根结线虫喜温暖干燥的环境，在土温10℃以下时，幼虫停止活动，55℃时，经10分钟即可死亡。在盛夏，深翻土壤，挖沟起垄，有条件可将生石灰施入土壤，灌水后盖严地膜，密封棚室10~15天，利用夏季强光高温有效杀灭根结线虫。北方冬季可进行表土层换土，经严冬可冻死大量虫卵。5.药剂处理，选用15%阿维·吡虫啉微囊悬浮剂沟施，或使用10%噻唑膦颗粒剂土壤撒施。