一、小麦秆锈病的农业防治
1、选用抗病品种，如蒙麦30号、龙麦23号、龙辐麦7号、陇春15号、宁春24号、陇春8139、定丰3号等。抗秆锈冬麦品种有京411，皖麦26、27，豫麦18号，新宝丰（7228），早麦5号，贵丰1号，滇麦18、19号。
2、适期播种，避免早播。
3、药剂拌种。用种子重量0.30%三唑酮拌种，即用15%三唑酮可湿性粉剂60~100g拌麦种50kg或12.5%烯唑醇可湿性粉剂60~80g拌麦种50kg、15%三唑醇50~100g拌小麦种子50g、20%萎锈灵乳油180~350ml拌种子100kg，拌种时可以按每10kg种子1kg水的数量将药液先进行稀释，然后将药液喷洒到种子上，边喷边拌，拌后闷种4~6小时播种，可有效控制苗期条锈病，推迟成株期病害爆发期。
4、小麦收获后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗，减少越夏菌源。
5、加强田间管理，实行作物轮作。
二、小麦秆锈病的喷洒防治
1、在秋季和早春，田间发现发病中心，及时进行喷药控制。如果病叶率达到5%，严重度在10%以下，每亩用15%三唑酮可湿性粉剂50g或20%三唑酮乳油40ml/亩，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂15~30g/亩，对水50~70kg喷雾，或对水10~15kg进行低容量喷雾。在此，大丰收农业信息网提醒，如果病叶率在25%以上，严重度超过10%，就要加大用药量，视病情严重程度，用以上药量的2~4倍对水喷雾。
2、小麦拔节或孕穗期，病叶普遍率达2%~4%时开始喷洒20%三唑酮乳油或12.5%烯唑醇可湿性粉剂1000~2000倍液、25%丙环唑乳油2000倍液、12.5%氟环唑悬浮剂54~60ml/亩施药，做到普治与挑治相结合。
3、小麦扬花初期，每亩用20%三唑酮乳油每亩50ml、或50%多菌灵可湿性粉剂100g加水20kg进行低容量喷雾，若扬花期碰上连阴雨天气，可第一次药后7天再用药一次。