不施用未腐熟的有机肥料。此类有机肥料没有经过腐熟阶段，施入土壤后，腐熟过程中能产生一些有害的中间产物，如有机酸类等，这些物质积累到一定程度能使种子中的蛋白质变性，致使种子出苗不齐，出现烧苗现象。所以有机肥料要经过充分的腐熟过程，可以杀死其中的致病菌和虫卵。
施肥量不能过大。大棚蔬菜往往施肥量过大，尤其是化肥或速效性有机肥一次用量过高，易引起肥害，表现为作物根系吸水困难，僵苗不发，叶片畸形，严重时作物逐渐萎蔫而枯死。解决的方法是平衡施肥。由于大棚相对密封，施入化肥不易淋失，肥效较高，宜多次少量酌情施肥。最好根据蔬菜产量、土壤肥力、不同肥料元素利用率等确定适宜施肥量，以进行平衡施肥。
采用正确施肥方法。生产中碳铵施用方法不当尤为突出。碳铵俗称气肥，施入土壤后，会很快分解转化为氨和二氧化碳。氨对蔬菜叶片具有毒性，其在空气中的浓度达到一定程度后，首先致使靠近地面的蔬菜叶片出现氨中毒而变黄脱落；浓度更高者，造成整个棚子植株叶片脱落，蔬菜绝收。所以碳铵宜深施，防止挥发造成浪费，防止造成蔬菜氨气中毒。
施肥要平衡。氮磷用量偏高，钾肥用量不足。氮肥过剩，分解后产生铵离子过多时，影响作物对钾、钙、镁的吸收，造成养分吸收不平衡，作物生长受到危害。同时，氮肥用量过大，很容易造成蔬菜体内硝酸盐积累，使得蔬菜品质下降，产投比降低。钾肥用量少，植物抗逆性差，病虫害严重。最好是氮、磷、钾肥配合施用，充分发挥交互作用，减少生理病害。特别是减少氮肥、磷肥的施用，提高钾肥的投入，提高蔬菜品质。
无机、有机肥要搭配。有机肥投放量偏低，有的菜农只在离村庄近或运输方便的菜田施少量有机肥，远的田块不施，这样不利于培养高产菜田，也不利于培养出高品质的蔬菜产品和持续发展。所以要增施有机肥，有机肥不仅养分含量全面，能提供蔬菜生长发育所需的大量及中、微量元素，还能改良土壤理化性状，改善土壤的水、肥、气、热条件，增强保肥、保水能力，促进蔬菜正常的营养生长。
重视补充中微量元素。中微量元素肥料是蔬菜生长必不可少的，对微量元素尤其敏感，多则有害，少则生长不良。仅靠施有机肥来补充养分，致使土壤中的中、微量元素随着棚龄增加呈减少趋势，使得施肥养分比例失调，从而诱发各种病害，如芹菜茎裂病、番茄脐腐病等。