螨类可以直接取食菌丝，造成接种后不发菌，或发菌后出现“退菌”现象；在子实体生长阶段，菌螨可造成菇蕾死亡，子实体萎缩或成为畸形菇、破残菇，严重时，子实体上上下下全被菌螨覆盖，污损严重，影响产品品质和加工质量；它们还危害仓贮的干制菇、耳；菌螨还会携带病菌，传播病害。
螨类主要通过培养料、菌种或蚊蝇类害虫的传播进入菇房。危害食用菌的螨类很多，其中以蒲螨类和粉螨类的危害最为普遍和严重。
螨类防治措施：
1、环境卫生培养室及出菇室周围的环境要卫生，要远离培养料仓库、饲料间和鸡棚等，以杜绝菌螨通过培养料侵入的机会。
2、培养料处理
发酵时，堆温要升高到58～60℃至少维持5～6h，提倡进行后发酵处理，可较彻底地杀灭螨类。
3、出菇室消毒
出菇室应保持洁净，使用前每100m3空间用1kg敌敌畏和1kg福尔马林进行密闭熏蒸，杀虫灭菌，杜绝虫源。
4、菌种检查
要严格检查菌种，避免菌种带螨。可用放大镜检查瓶口周围，如发现菌螨，菌种切不可使用，需用高温杀灭后废弃；其余尚未发现菌螨的菌种，需在播前一、二天用50%敌敌畏药液熏蒸杀死菌螨。
5、发菌期药剂防治
发菌期间，如发现菌丝有萎缩现象，需用放大镜仔细检查，发现菌螨后要及时喷药杀灭，喷药宜在室温较高、菌螨集中在料面时进行。可用0.5%的敌敌畏全面喷洒料面、床架、墙壁及地面，密闭熏蒸18h；如仍有菌螨，需在菇床及其周围再喷一次敌敌畏，但每次用药量不宜过大，一般不超过450g/m2，至多喷2～3次，以免引起药害。双孢蘑菇菇床上一旦发生菌螨，需在覆土前彻底杀灭。
6、诱杀法防治
菌螨危害较轻时，可利用糖醋液或肉骨头诱杀。螨类对肉香特别敏感，可在菇床上分散放置一些新鲜肉骨头，待菌螨聚集到骨头上后，将骨头投入开水中烫死菌螨，骨头捞起后继续使用。蘑菇覆土层有菌螨危害时，可用糖醋药液诱杀，即用醋3份、糖2份、白酒0.5份、敌敌畏0.5份，水4份配制而成，调合均匀后，将纱布在药液内浸透，然后覆盖在覆土层上，待菌螨聚集到纱布上后，放进沸水中杀死；纱布拧干后，再继续使用，逐渐将菌螨全部杀灭。
7、出菇期防治
子实体生长期不可喷药，危害较轻时，可用诱杀法防治，或在一潮菇采收后处理；如菌螨危害严重，可停止出菇管理，用敌敌畏密闭熏蒸菇房。