白瓜疫病是真菌性病害，它以卵孢子在土壤中或病残体上越冬，卵孢子在土壤中可存活3年以上，有发病急、传播快的特点。
6月中旬开始查田查病，仔细查看茎蔓处，通过多次田间调查，及时拔除中心病株，清除烂瓜和瓜位土，捡出病瓜，携出田外，集中销毁。对病穴周围土壤撒石灰粉或用甲霜灵毒土600倍扬施，封闭中心病区防止蔓延。
拔除中心病株工作，隔3～5天进行1次，连续进行几次，达到田间再无病株出现，即可有效控制病害在田间蔓延成灾。
发病初期，对中心病株周围的瓜株，用25%甲霜灵可湿性粉剂或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂或64%杀毒矾可湿性粉剂的500倍液，进行茎基部、地面和瓜及叶片喷雾，预防再侵染。发病中、后期用金雷多米尔600～800倍液，或72%普力克水剂600～800倍液叶面喷雾，每隔7～10天喷一次，共喷2～3次。控制蔓延，延后发生时间，保证籽用南瓜成熟，籽粒饱满。