1、预湿不充分：稻草应浸泡充分，浸泡不充分的稻草翻堆时需大量补水，在二次翻堆之前不能补足水份的，会影响菌丝的生长。
2、翻堆不匀：应按“生料放在中间，熟料放在两边；中间的放两头，两头的放中间”的原则翻堆，否则达不到翻堆的效果。
3、采土不合要求：有些种植户覆土时采用未处理的菜园土，有添加未充分腐熟的牛粪。而这样的土壤带有大量的病菌和虫卵，容易引发多种病虫害，给蘑菇种植户造成损失。
4、覆土时添加尿素：新的种植户容易习惯性地把蘑菇种植和其它作物种植等同起来，覆土时添加尿素易造成氨味过重，导致菌丝死亡。
5、喷发“关门水”：在蘑菇种植前期高温时喷施“关门水”会造成高温环境，引起冒菌丝、结菌被及小菇死亡等现象，后期喷施“关门水”，则容易使菌丝退化、早衰。
6、防病不及时：有些种植户由于缺乏基本的辨别和防治病虫害的知识，往往在病虫害发生较重时才着手防治，以致错过了最佳防治时期，减产严重。