采收后的鲜木耳含水分多，如不及时制干，易造成腐烂变质。制干的方法有两种：一种是天气晴朗，光照充足，将采收的木耳薄薄摆摊在晒席里，烈日曝晒1-2天，达到制干程度。另一种是采收时下雨，可及时烘干。可利用烤棚或自建简易烤室，将鲜木耳摆在折子上，分层放好，烧炭水加温，温度不超过40℃为宜，若温度过高，易烤焦烤熟或自溶腐烂。烘烤时烤筛上下移动，使其受热一致，干燥均匀。烘烤时勿多翻动，切忌烟熏，以免影响品质。
制干的黑木耳，应剔除碎片、杂物等，可以按大、中、小和好、中、差分装，或混装，采用无毒塑料袋装好，扎紧袋口，密封放置在木箱或木桶内，贮藏在干燥通风室内。