整地施肥前茬收获净地后，及时浅耕灭茬，耙穗保墒。然后撒施腐熟农家肥，每亩5000千克左右，深耕23～27厘米，横竖耙两遍，使肥料和土壤充分混合后，再耱1～2遍，使土壤细碎平整。
基肥要用氮、磷、钾俱全，氮和钾的含量比较高的农家粪肥；追肥以速效性氮肥为主。据试验，每生产50千克菠菜，三要素的吸收量为：氮200克、磷100克、钾150克。
根据估算，计划亩产4000千克的菠菜，当每亩施用5000千克圈作基肥时可以将97.8千克的过磷酸钙与圈粪混合，作为基肥。施用速效性氮肥作追肥时，每亩只需要施用碳酸氢铵103.9千克，或尿素38.4千克。
当然，蔬菜需肥量的计算是一个比较复杂的问题，涉及的面较广。目前蔬菜生产中存在着有机肥施用量减少，化学肥料特别是氮肥施用量增多的问题，其结果是土壤结构变坏，土壤缓冲能力差，蔬菜产量下降，品质变劣，成本增加。
菜畦的方式主要要考虑有利于灌水和排水。北方少雨地区多采用平畦；南方多雨地区多采用深沟高畦，畦宽2米左右，沟深23～26厘米，沟宽约40厘米。广州地区多采取“水坑”栽培，就是在整地后作成宽3.3米左右、长20米左右的高畦，畦面弧形。高畦的四周为宽约40厘米、深约25厘米的“水坑”（深沟）。深沟内保持一定深度的水层，以调节土温，遇暴雨季节又可作排水沟用。高畦的中央开一条宽约33厘米、深约16厘米的浅沟，作灌水沟用。
