1、补水
当前色素辣椒育苗管理中，注意每天早晨补1次水，苗床不能缺水，补水确保在北京时间13点前补完，补水要补透，中午以后不再进行补水。
2、补肥
补肥原则是未出真叶未并盘不能补肥。色素辣椒苗在并完盘缓苗后开始补肥，并盘前不能补肥。补肥时先浇透苗床水，过半小时后在蓄水池内按每方水加入150g磷酸二氢钾80g多菌灵进行补肥防病。每隔5-7天补施1次。此后视苗情适当增加肥料用量。
3、淋施农药防病
并盘时随水施入多菌灵800倍液。并完盘3-5天后开始补肥，此时补肥按每方水加100g磷酸二氢钾进行补肥。
4、叶面施肥施药
自并完盘后3-5天，每5-7天于上午北京时间12点前喷施1次1500倍普立克1500倍氨基酸叶面肥。
5、通风管理
目前色素辣椒苗期管理中，建议不要开底风放风，通风排湿要开上通风口。为促进幼苗正常生长，辣椒育苗棚需正常揭盖棉被，白天温度控制在28-32℃，夜间控制在15-18℃.
6、出圃移栽前炼苗
待幼苗长至2对真叶后，于移栽前10天开始炼苗。