水分对小麦品质的影响是复杂的。在正常年份，适时灌水可以增加小麦产量，但蛋白含量有所下降。小麦生育期水分不足，尤其是生育后期适当的水分胁迫，小麦籽粒蛋白质含量有所增加，而产量有所下降。蛋白质含量随着灌水次数的增多而递减。灌水对品质的影响与降水量有关。欠水年适当灌水可提高产量和蛋白质含量，丰水年适当减少灌水也可提高籽粒蛋白质含量，灌水过多对籽粒蛋白质积累不利。灌水过多造成蛋白质下降的主要原因是：营养体大量生长，需要大量的氮，造成供氮不足，籽粒蛋白质含量下降。另一原因，受温、湿度影响。温度低，湿度大，籽粒蛋白质积累较困难。在肥料充足时，适当灌水可以使产量和品质同步提高。灌水要与施肥相结合。
后期灌水对加工品质影响较大。灌浆期间水分缺乏，籽粒透明度增加，蜡熟期以后降水对透明度不利。至于后期干旱条件导致品质改善，那是以牺牲产量为代价，并不可取。在生产中合理灌水还要看小麦的品种类型，对于饼干、糕点小麦适当增加灌水次数，降低蛋白质含量是必要的。