南瓜施肥要根据其需肥特性来施肥，南瓜的需肥特性主要有两点：产量高，需肥多，吸肥力强、耐肥；前期发育以氮肥为主，后期结果以钾肥、磷肥为主。
在给南瓜施肥时每亩南瓜基肥应以3000-3500千克或人畜粪尿500-1000千克，过磷酸钙10-15千克，草木灰100千克，集中混合食欲瓜沟中，与土壤混合。采用坑栽或墩栽的方式，每穴先施堆肥或人畜粪尿。
再给早熟的南瓜追肥时，要在定植成活后，应及时追施苗肥1-2次，以后当陆续出现雌花时，在追肥养花。在结果时果实迅速生长，这时再追肥一次。
以采收老熟瓜为主的中晚期南瓜，必须根据情况，处理好营养生长与果实生长的关系，既要控制生长前氮肥过多，造成蔓叶徒长，又要防止养分不足，基叶生长瘦弱，难以结成大瓜。具体施肥量要根据土壤情况、地区情况等多方面因素来决定，要在技术人员的教导下施肥。