防治草莓根腐病应从以下几个方面着手：
1.合理轮作，清理田园。及时清除田间前茬病株和病残体，集中烧毁。或在大棚闲置期间对土壤高温消毒，每亩施用石灰氮120公斤，覆膜浇水盖严后持续闷棚25天以上，可有效地杀灭土壤病菌和虫卵。
2.高垄地膜栽培，科学浇水施肥。根腐病与棚内湿度过大或一次浇水过多有直接关系。为降低棚内湿度，宜采取高垄覆膜栽培，做到膜下浇水并小水勤浇，有条件的最好采取滴灌方式。给草莓选用基肥时，应施用充分腐熟的有机肥，增加生物有机肥的用量，并深翻土壤，提高土壤透气性和缓冲力。冬季追肥施用的氮磷钾冲施肥一次用量不宜过多，建议每亩施用氮磷钾冲施肥5公斤，并与4公斤普利登鱼蛋白混合冲施，可以同时起到膨果和养根的作用。
3.药剂防治。草莓根腐病应以预防为主，在定植缓苗期和开花前分别喷施75%百菌清可湿性粉剂500-800倍液+普利登鱼蛋白300倍液，也可于定植后用普利登鱼蛋白500倍液+恶霉灵800倍液灌根，对早期预防根腐病效果明显。对当前已发生根腐病的大棚草莓，应及时拔出病株，并用甲霜·恶霉灵1500倍液+普利登鱼蛋白500倍液灌根。