大棚内蘑菇的主要病害有：①“白腐病”又称褐腐病、疣孢霉病，是棚菇病害中发生最普遍、危害最严重的一种真菌病害。②“鬼伞苗”又名野蘑菇。虫害主要有菇蝇、蚊、线虫、螨虫等。怎样防治这些病虫害呢？通过几年的实践我们总结出以下几点经验供大家参考：
一、自腐病
要想彻底消灭这种真菌并不太容易。但我们可以从“防”字入手，即把病害及早消灭在大发生之前。需要做到：
1．培养料在菇房内二次发酵时，用通蒸汽法进行处理。具体做法是：用巴氏消毒法灭菌处理，温度保持在60℃左右，并持续6小时-10小时。
2。覆土时用福尔马林消毒，并在覆土后调节水量时用高效杀菌剂或多菌灵均匀喷洒床面和周围环境。
3．一旦发现有这种病害出现，第一，立即停止浇水，加大通风量，降低菇房温度和湿度。第二，立即挖掉病菇、菌丝块和周围的覆土，并且撒上石灰集中销毁，防止再次感染。第三，换上新土后，在原发病部位均匀喷洒福尔马林、高效杀菌剂或多菌灵农药。使用浓度同上或加倍。严重时菇房内用福尔马林或气雾消毒盒熏蒸1小时，通风2天-3天，待床面干燥后再喷药。
二、鬼伞苗
这种菌主要产生于温度过高的培养料中。因而，在堆制培养料时，首先选择无霉变的原料，同时调整好碳氮比，避免含氮量过高，当游离氮含量过高时，要用甲醛进行处理；其次在发菌阶段切记不要使料温过高，避免病菌的产生。如果菌床上已经出现鬼伞茁，应立即拔除干净，随后通风降温，待室温下降后，病菌便自行消失。
三、菇蝇、蚊
菇蝇、蚊主要来自培养料中，另外周围环境的粪肥也是其栖息之地，因此只要注意环境卫生和培养料的发酵消毒环节就可防治其发生。可用菊乐合酯1000倍液或敌杀死1000倍液喷洒处理就能防止其危害。
四、线虫
线虫主要栖息于土壤中，随覆土进入菇房。将培养料经巴氏消毒处理就能有效地杀灭线虫。在线虫发生轻度时可用杀虫双乳剂50倍液或马拉松乳剂500倍液喷洒菇房内的料面，严重时用磷化铝熏蒸菇房效果较好。
五、螨虫
螨虫主要潜伏在粪肥中，可随培养料侵入菇房，因而将培养料进行巴氏消毒处理就能有效地控制其发生。另外，在堆料时拌人三氯螨醇或在床面上喷洒菊乐合酯1000倍液和敌敌畏1000倍液。严重时用磷熏蒸处理即可。