机器使用一段时间后，水垢不可避免，尤其缸盖、缸体水套及水箱的水垢妨碍散热，应及时清除。清洗冷却系统的方法主要有碱洗法和酸洗法。
碱洗法的步骤为：启动发动机中速运转让水温升到50℃以上时熄火放尽冷却水；在20公斤水中加1.5公斤烧碱和0.5公斤煤油配制成清洗液注入水箱；启动发动机中速运转5～10分钟停车静止10小时；再启动发动机控制油门令转速时快时慢，使产生水流冲击波让水垢或沉淀物悬浮运转5～10分钟后放尽清洗液；将清洁的软水加入水箱，启动发动机中速运转5分钟后放尽清洗水重复2～3次。
酸洗法是将20%的盐酸溶液注入水箱停放10分钟，放出清洁液再用清洁水冲洗净。配制盐酸溶液时应将盐酸慢慢倒入水中并不断搅拌，严禁将水倒入盐酸中。无论酸洗、碱洗对金属皆有腐蚀性，须把握好清洗液的配比和清洗时间。
为避免冷却系统被一般化学清洗液腐蚀，也可采用专用“水箱清洗剂”，使用方法与上述碱洗法相同。最后用清洁水多次冲洗。