深耕机在水田作业时，由于水的阻力较大，油耗相对较高。为了降低燃油成本，可以采取以下措施：
一、尽量用“快挡”。在水田面积适宜、田间沟坑不影响作业的情况下，除开畦和打左犁外，应尽量使用“快速挡”作业，油门增加到合适位置，让发动机接近或达到额定转速。转弯时及时减速，确保安全。
二、耕整深浅度要适中。耕整深度一般为10—12cm，宽度为24—26cm。过深会增加燃油消耗，降低工效；过窄会降低工效，过宽会出现漏耕。驱动轮紧靠未耕地行驶，可获得满意宽度和理想效果。
三、耕整宽度和深度要稳定。耕整时尽量直行，分畦要直，选择合适的对称位置，另一端找准目标，保持直线行驶。畸形田应仿形耕整，柔和圆滑。耕整时，脚不要踏在农具升降踏板上，以免影响深浅度的稳定和均匀。
四、油门要轻推轻拉。作业中尽量避免田间空行，并适量减少平衡拖板上的配重物重量，以减少行驶阻力，但要注意机组平衡，确保耕整质量。