造成联合收割机粮仓内粮食清洁度差的原因是风机风量太小、风向调整不合适、喂入量太大、清选筛开度太大、复脱器磨损等。此外,清选机构的故障也可能导致粮食清洁度差,例如风机出风量小、清选篩堵塞、复脱器出现故障以及喂入量过大。