大葱霜霉病主要为害叶和花梗，花梗上初生黄白色或乳黄色较大侵染斑，纺锤形或椭圆形，其上产生白霉，后期变为淡黄色或暗紫色。中下部叶片染病，病部以上渐干枯下垂。假茎染病多破裂，弯曲。鳞茎染病，可引致系统性侵染，这关病株矮缩，叶片畸形或扭曲，湿度大时，表面长出大量白霉。
全株染病的越冬大葱，停止生长，株高降低；叶片加厚、黄变而弯曲。春秋阴雨连绵时，可形成白色霉层，黄变枯萎。再感染的大葱，叶片和花梗上出现黄白色长椭圆形大病斑，表面上有白色霉层，后变为绿色或暗紫色。严重时，病株呈淡黄色枯萎。病斑上生出杂菌后，有时还形成黑绒状霉层。