大葱锈病由真菌侵染引起，病原菌的夏孢子可借助气流传播，侵入大葱发病，形成夏孢子。这些夏孢子成为再侵染源，向周围植株蔓延。夏孢子还可以在田间植物残体上越冬存活，春季气温回升后，越冬植株上产生新一代夏孢子，随风雨传播，侵染邻近植株和附近田块，在田内出现发病植株集中的区域，即“发病中心”，成点片状分布。在整个春季能多次侵染，黄河中下游3月至4月上旬病株率和病叶率缓慢上升，7月中旬以后，气温和湿度适宜，病情增长很快，由点片发生发展到全出普发，进入主要危害期。夏季高温，以菌丝体在病叶内越夏。秋季又陆续侵染，再度流行。植株密度大，偏施水肥，田间郁蔽，或者地势低洼，易于积水等都有利于锈病流行。品种间抗病性有明显不同。本病由真菌侵染引起，病菌可为害大葱、洋葱、韭菜等葱类作物。在南方病菌以菌丝体或夏孢子，在寄主上辗转为害，或在病株上越冬；在北方病菌以冬孢子随病残体在土壤中越冬。第二年，夏孢子随气流传播，进行初侵染或再侵染。夏孢子萌发后，芽管从气孔侵入，也能直接穿透表皮侵人，经10天左右潜伏期后发病。