辣椒菌核病主要通过病健株或病健花果的接触传播，也可通过田间染病杂草与健株接触传染。病原以菌核遗落在土中或混杂在种子中越夏或越冬，当温度和湿度适宜时，菌核萌发产生子囊盘和子囊孢子，子囊孢子借气流传播到植株上形成初侵染。菌丝从伤口侵入，或其芽管直接穿过寄主失去膨压的表皮细胞间隙，侵入致病。发病后通过接触形成再侵染。南方2～4月份或10～12月份菌核有两次萌发高峰期，北方多在3～5月份。北方，菌核则在冬末春初萌发，成为北方冬春保护地茄科、葫芦科等多种蔬菜的毁灭性病害。
