发病初期，茎基部皮层外部无明显病变，而后逐渐变为淡褐色至黑褐色，绕茎基部一圈，病部失水变干缩。纵剖病茎基部，可见木质部变为暗褐色。病部以上叶片变黄，萎蔫，后期变为黄褐色，枯死，多残留在枝上不脱落。根部及根系不腐烂。根腐病主要危害西红柿根部，初期于主根和茎基部产生褐色斑，后逐渐扩大、凹陷，严重时主根变褐腐烂，导致地上部逐渐枯萎。纵剖茎基部或根部，维管束变为深褐色，之后根茎腐烂，不生长新根，发病后期，病株多枯萎而死。
