加强栽培管理：合理密植，使辣椒封行后行间不郁蔽，果实不暴露；避免连作，发病严重地区应与瓜类和豆类蔬菜轮作2～3年；适当增施磷、钾肥，促使植株生长健壮，提高抗病力；低湿地种植要做好开沟排水工作，防止田间积水，以减轻发病；及时采果，辣椒炭疽病菌为弱寄生菌，成熟衰老的、受伤的果实易发病，及时采果可避病。
选用抗病品种和无菌种子，并进行种子处理。清洁田园，减少病原菌的传播。在化学防治上，定植前要搞好土壤消毒，结合翻耕，每亩喷洒3000倍96%天达恶霉灵药液50千克，或撒施70%敌克松可湿性粉剂2.5千克，或70%的甲霜灵锰锌2.5千克，杀灭土壤中残留病菌。定植后，每10～15天喷洒一次1∶1∶200倍等量式波尔多液，进行保护，防止发病（注意！不要喷洒开放的花蕾和生长点）。每2次波尔多液之间，喷1次600～1000倍瓜茄果专业型天达—2116（或5000倍康凯、或5000倍芸薹素内酯），与波尔多液交替喷洒。
辣椒炭疽病主要为害将近成熟的辣椒果实，染病果实。炭疽病是辣椒上的常发病害，特别在高温季节，果实受灼伤，极易并发炭疽病使果实完全失去商品价值。辣（甜）椒炭疽病主要危害果实和叶片，也可侵染茎部。