水稻恶苗病的防治关键在于播种前对种子进行处理，清除有害病残体，并选择抗病品种。种子处理是有效方法，可使用25%施宝克5000倍液、浸种灵4000倍液、健秧宝4000倍液或25%辉丰百克4000倍液等浸种，浸种60小时后无需淘洗，直接催芽播种，防效可达95%以上。此外，硫酸铜、石灰水等也可用于种子处理。若已栽植完成，可采取物理处理方法，如晒田1-2天后灌水。
