1、塑料棚内栽培茄子覆地膜可阻止子囊盘出土，减少菌源。
2、药剂处理土壤，每亩用50%多菌灵可湿性粉剂4～5公斤，对干土适量充分混匀撒于畦面，然后耙入土中。可减少初侵染源。
3、注意通风以降低棚内湿度，寒流侵袭时要注意加温防寒以防植株受冻，诱发染病。
4、发现病株及时拔除，带到棚外消毁。
5、田间始见于囊盘或发现中心病株后，轮换或交替使用，隔10～15天1次，连续防治3～4次。此外保护地也可选用烟雾法或粉尘法，具体方法见黄瓜菌核病。用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍液，或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液，或60%防霉宝超微粉600倍液喷雾。