药剂防治可用根保种衣剂按药种1:40包衣玉米种子，或用10%烯唑醇乳油20g湿拌100kg玉米种，堆闷24小时，防治玉米丝黑穗病，效果优于三唑酮。也可用种子重量0.3%~0.4%的三唑酮乳油拌种，或40%拌种双、50%多菌灵可湿性粉剂按种子重量0.7%拌种，或12.5%速保利可湿性粉剂用种子重量的0.2%拌种。拌种前需先喷清水湿润种子，与药粉拌匀后晾干即可播种。此外，还可用0.7%的50%萎锈灵可湿性粉剂、50%敌克松可湿性粉剂或0.2%的50%福美双可湿性粉剂拌种。物理防治方面，人工清除病区内的致病菌“瘤胃”，用袋子带出田间集中深埋或焚烧销毁，减少田间细菌数量。化学药剂防治可在出苗前在玉米表面喷洒杀菌剂（除锈剂）；用15%三唑酮拌种，用量为种子量的0.4%；玉米穗前喷洒50%多菌灵或50%福美双，防治1-2次，可有效控制病害。