大葱紫斑病的病原以分生孢子器或子囊壳随病残体在土壤中越冬，也可在寄主体内、种苗上或贮存葱中。借风雨、灌溉水或气流传播，从伤口、气孔或表皮侵入，适宜条件下产生分生孢子进行再侵染。温暖、潮湿环境，管理粗放、排水不良、阴雨连绵、密度过大、长势衰弱等条件均有助于病害的发生和传播。
