根据第一代发生时间来推测第二代发生时间，来防治效果好。
加强田间管理，采取浅水灌溉，避免深水漂苗、淹苗，可减少潜叶蝇落卵量。发生严重地块可排水晒田。.未带药插秧预防或预防效果差的田块，要在插秧返青前或落卵高峰期，及时进行本田药剂防治。药剂可选用5%丁烯氟虫腈乳油或5%氟虫腈悬浮剂每亩40毫升，或3%啶虫脒乳油每亩30毫升,或70%吡虫啉水分散粒剂每亩6克,对水15公斤田间喷雾防治，或50%灭蝇胺可湿性粉剂4000-5000倍液喷雾防治。
化学防治措施：实行带药移栽，可在插秧前2-3天喷施灭蝇胺、阿维·吡虫啉等药剂提前预防，对潜叶蝇有很好的防效。移栽大田后密切关注发生动态，当100穴水稻的虫量达到5头以上时，选择持效期长的吡蚜酮、噻虫嗪、吡虫啉、阿维菌素及其复配制剂等药剂叶面喷雾防治。农业措施：一是清除稻田周边杂草，减少越冬虫源；二是插秧后浅水灌溉，避免深灌，减少潜叶蝇产卵量，发生严重的田块可排水晒田；利用成虫喜蜜糖的习性，可在成虫发生盛期在苗床设置糖醋液诱杀成虫。
1、应在秋末、早春将稻田附近的杂草铲除采取浅水灌溉，避免深水飘苗、淹苗，可减少潜叶蝇落卵量；发生严重地块可排水晒田。2、注意水稻潜叶蝇自然天敌种群的保护和利用。3、加强测报，密切注视水稻潜叶蝇的发生消长动态。4、在水稻插秧前1-2天，每100平方米苗床用70%吡虫啉喷雾。