主要危害水稻根节部和茎基部，褐色或深褐色腐烂。
水稻细菌性基腐病菌在牛肉膏蛋白陈琼脂培养基上,菌落圆形.表面微凸起.不透明,边缘光滑,初为乳白色,后为土黄色,生长温度为12～40℃,最适生生长温度为28～32℃．。
见根节部变黑褐，有时可见深褐色纵条，根节腐烂，伴有恶臭，植株心叶青枯变黄。拔节期发病叶片自下而上变黄，近水面叶鞘边缘褐色，中间灰色长条形斑，根节变色伴有恶臭。穗期发病病株先失水青枯，后形成枯孕穗、白穗或半白穗，根节变色有短而少的侧生根，有恶臭味。水稻细菌性基腐病的独特症状是病株根节部变为褐色或深褐色腐烂。