土壤中含氮量偏低，水分不足，秸秆不能充分腐熟。旱地条件受限制，秸秆不能充分发挥作用，造成浪费。田间操作不便，腐烂时间长易造成烧苗死苗。秸秆覆盖田间湿度大，影响播种出苗。秸秆还田大大提高玉米螟越冬基数，加重玉米螟及病害发生。秸秆纤维化程度高，还田后腐化时间短，或因干旱缺水微生物作用受阻不易腐化，造成下茬作物播种质量差，有的还残留有多种病菌和害虫卵。
