芒果枝枯病在芒果整个生长时期均可发生，多在台风或连续的暴风雨后的晴天表现出症状。台风或连续大暴雨后，树体严重受伤害，抵抗力下降，伤口容易被病原菌侵染，病原菌侵染后破坏树体韧皮部及木质部，造成坏死；天晴后，树体发生蒸腾作用使水分流失，而染病的枝条或嫩梢因韧皮部及木质部坏死而不能输送水，造成枯萎死亡，这个过程只需要3-5天。病原菌残留或潜伏在树体内，待条件适宜又会爆发，高温、高湿、树体衰弱、钻蛀性害虫危害都是能造成后期危害。
芒果枝枯病主要从树干或枝条伤口侵入致病，也可以由修剪后堆积在树盘的病残体上从植株根部侵入。菌丝体还潜伏在芒果植株的茎干、果实和叶片上，待条件适宜时发病。高温、高湿和荫蔽的环境条件有利于本病发生流行。台风雨过后该病易暴发流行；在排水不良的苗圃地易发病。干旱低温等环境胁迫可加重病害发生。在海南，秋末春初病害症状严重。在攀枝花，冬春季干旱季节发生较为严重，常造成大的侧枝枯死。
不同品种的抗病性不同，台农1号芒、椰香芒、留香芒等品种发病重，而金煌芒、贵妃芒等品种相对抗耐病。偏施氮肥、多效唑使用过量、树势衰弱、受天牛为害较多的果园发病较重。