农业防治采用高畦栽培，及时排水和清除病株。培育壮苗需对种子和营养土严格消毒，出苗后喷施0.1%磷酸二氢钾或植宝素8000倍液；苗期发病用75%百菌清可湿性粉剂600倍液或50%福美双可湿性粉剂500倍液喷雾。定植后至成株期防治，发病初期及时用药，可选用40%拌种双可湿性粉剂，每平方米表土用药8～10克与干细土拌匀后施于病株茎基部，覆盖病部；75%百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾；40%拌种双粉剂800倍悬浮液喷雾；50%福美双可湿性粉剂200倍液涂抹发病茎基部。蔬菜的基腐病一般为土传病害和种子带菌，需采取轮作倒茬、土壤消毒和种子处理等农业措施。