气候条件是影响马铃薯黑痣病发生的主导因素。丝核菌在7-39℃均可生长，较低的土壤温度和较高的土壤湿度有利于其侵染。土温低、湿度大时，种薯幼芽生长缓慢，未经催芽的薯块栽植后出芽周期长，增加了病菌侵染机会。结薯后土壤湿度过大，特别是排水不良，会加重新薯块上菌核（黑痣）的形成。发病初期，马铃薯地下茎杆上会出现指甲盖大小的黑痣斑。
软腐病是细菌性病害，常见病原为软腐欧氏杆菌变种和黑胫病欧氏杆菌变种。这两种病原属厌气细菌，易在水中传播。温暖、高湿及缺氧环境有利于块茎软腐。地温在20℃～25℃或更高时，收获的块茎会高度感病。