发病初期，植株叶片从基部向顶端逐渐萎蔫，中午明显，开始早晚可以恢复，几天后植株全部叶片萎蔫下垂，不再恢复；茎蔓基部稍缢缩，表皮粗糙，常有纵裂；潮湿时根茎部呈水渍状腐烂，表面常产生白色或粉红色霉状物。病株根变褐色，易拔起，皮层与木质部易剥离，维管束变褐色。发病高峰期在植株开花至坐果期。甜瓜枯萎病的主要症状是叶片枯黄萎缩，茎枝表皮粗糙，严重时全棵枯萎。病势发展急剧，出现“半边枯”现象。病株根部褐色腐烂，茎基部常纵裂，纵剖视病茎，可见维管束变为褐色。在潮湿的环境条件下，病部呈水渍状腐烂，表面产生白色或粉色霉层。