小麦纹枯病的防治方法包括种子处理和药剂喷防。在小麦返青拔节期，应根据病情发展及时进行喷药防治。可选药剂有：每亩用14%戊粒宝（戊唑井冈A）40毫升、戊控（90%多菌灵+80%戊唑醇）、43%富力库（戊唑醇）12克、30%爱苗（苯甲丙环唑）10-15毫升、23%尊保（醚菌酯氟环唑）40毫升。纹枯病在田间湿度大时易发生，在做好农业防治基础上，一般拔节以后根据病情用井冈霉素等防治两次，间隔10天。应采取农业措施与化防相结合的综防措施，才能有效地控制其为害。
