有机大豆在整个生长期不施化肥、不打药，遵循自然界的生长规律及生态学原理，根据优胜劣汰的原则生长。这种大豆产量低、价格高，是高档次的农产品。有机大豆中的大豆蛋白被人体消化、吸收和利用的程度极高，与乳蛋白同样可以构成体内的抗体。其脂肪含量为18—20%，不含胆固醇，富含亚麻油酸及亚麻油稀酸，这类不饱和脂肪酸具有降低胆固醇的作用；卵磷脂也较多，对神经系统的发育有重要意义。有机大米禁止使用农药，使用有机肥，并控制种植数量。普通大豆则可以使用化肥和农药，属于无公害大豆，档次较低。
