雌穗整个果穗变成黑粉包，黑粉飞散后残留丝状寄主维管束组织；也有的苞叶畸形、变窄细、分叉多，子粒重新发芽，呈细长的芽叶状，黑粉少。雄穗染病有的整个花序被破坏变成许多小黑粉包，包膜破裂散出黑粉。玉米丝黑穗病的典型病症是雄性花器变形，雄花基部膨大，内为一包黑粉，不能形成雄穗。雌穗受害果穗变短，基部粗大，除苞叶外，整个果穗为一包黑粉和散乱的丝状物，严重影响玉米产量。抽穗后出现典型症状。病果穗短小，不吐花丝，整个果穗都变成一包黑粉，为病菌的冬孢子。雄穗有时也形成黑粉包，但常常仅个别小穗受害，有时还发现花器变形呈叶片状。主要为害雌穗和雄穗，一般在抽穗后表现症状。