菠菜地里有菜青虫，杂草有苋菜、马齿苋、灰灰菜等。目前国内发现的菠菜病虫害有30多种，其中菠菜病害有10多种，主要有菠菜霜霉病、菠菜病毒病、菠菜根结线虫病等；生理性病害有10多种。
菠菜霜霉病危害叶片，被害叶片开始产生浅黄色不规则的小斑点，扩大后，病斑相互连接，严重时，叶片枯黄，潮湿时，病叶腐烂，在病斑叶背面长有灰紫色霉层，即孢子囊与孢囊梗。
菠菜白斑病危害叶片。菠菜枯萎病一般在成株期发生较为严重，表现为老叶变暗失去光泽，叶肉逐渐黄化，根部逐渐变褐枯死。菠菜炭疽病主要危害叶片和茎部，叶片被害初期产生淡黄色的污点，后逐渐扩大成灰褐色的圆形病斑，具轮纹，中央有小黑点。
菠菜病毒病被害植株心叶萎缩或呈花叶，老叶提早枯死脱落，植株卷缩成球形。菠菜潜叶蝇幼虫在叶内取食叶肉仅留下表皮，并形成较宽的隧道。