实施轮作，高畦栽培，田间管理避免机械损伤，可以用72%的农用连霉素药剂防治。萝卜软腐病的防治可采用药液灌根或喷雾，常用的药剂有3%中生菌素可湿性粉剂600倍液，或72%硫酸链霉素可溶性粉剂3000倍液，或90%新植霉素可溶性粉剂4000倍液，或20%噻菌铜悬浮剂600倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂700倍液等。每隔7-10天1次，连续2-3次。
重病区或田块宜实行与葱蒜类蔬菜及水稻轮作。难于实行轮作的地块宜亩施石灰100—150公斤，深翻晒土或灌水浸田一定时间落干后再整地，采用高畦种植，施用充分腐熟堆肥，及时防除地下害虫。有条件的使用除草剂除草以尽量减少伤口。
加强检查，雨后及时排水，发现病株随时挖毁，并撒石灰或淋灌病穴。发病初期喷洒14％络氨铜水剂300倍液，或50％琥胶肥酸铜（DT）可湿性粉剂500倍液。收获时轻挖轻放，尽量减少伤口，采收后晒半天，入窖后严格控制窖温在10℃以下，相对湿度低于80％，可减少发病。