小麦全蚀病是一种根腐和基腐性病害，在小麦全生育期均可发病，病菌只侵染根部和茎基部1-2节。幼苗发病后，植株矮化，下位黄叶多，分蘖减少，类似干旱缺肥状，初生根（种子根）和根茎（地中茎）变成黑褐色，严重时可造成全株连片枯死。地上部症状决定于发病早晚以及根部、茎基部的受害程度，般表现为根腐和茎腐，感病后，根部和茎基部变成灰黑色，由于根系腐烂、茎基部被害，造成植株早枯，形成白穗。拔起枯死的病株，可见到整个根系和茎基部变成黑色腐烂状，剥开茎基部叶鞘，可见茎基及叶鞘内侧呈黑膏药状。拔节期冬麦病苗返青迟缓、分蘖少，病株根部大部分变黑，有的时候在茎基部及叶鞘内侧出现较明显灰黑色菌丝层。