由于黑穗病是种传病害，带菌种子是来年发生危害的主要来源，因此要坚决杜绝发病田块留种，严禁发病区域小麦留种和带病种子下田，同时做好轮作倒茬和种子处理。药剂拌种是防治小麦腥黑穗病的经济有效措施。使用6%戊唑醇悬浮种衣剂（立克秀）拌种，每100公斤种子用30～40亳升拌种；再按每10公斤种子用水150～200毫升的比例，量取所需水量，混合药液搅拌成糊状；倒入所需种子并搅拌均匀，确保每粒种子都均匀沾上药剂，抖好的种子放在阴凉处晾干后即可播种。
