小麦赤霉病的发生与多种因素密切相关。首先，环境条件对病害发展起着关键作用，适温多湿的环境有利于病原菌的繁殖和传播。其次，病原菌的数量和活性也是重要因素，大量活跃的病原菌会增加感染风险。此外，小麦本身的抗病能力也影响发病程度，长势差、抵抗力弱的植株更容易受到侵害。
病原菌主要来源于患病种子、前茬病残体以及周边杂草等区域，这些地方为病菌提供了越冬和再次传播的场所。春季，随着气温回升，病菌孢子逐渐成熟，并通过降雨或潮湿空气散播到小麦花药上。花药成为病原孢子萌发的温床，病原菌随后通过花丝侵染小穗。因此，扬花初期是赤霉病侵染的关键时期，此时易感品种在高温潮湿的条件下更容易发病。