将有机肥堆积在一处使其自然发酵，未经发酵的有机肥含有大量的细菌、虫卵和植物的种子，如果直接使用会烧伤作物的根系，甚至导致作物直接死亡。施肥时，将经过发酵的有机肥均匀地施在作物的附近，施肥时间以作物的生长旺季为宜，注意不能在温度较高的时候施用，以免影响肥效。有机肥料属于长效肥，可以在种植作物时作为底肥提前施用，或者在生长后茬追肥时施用。有机肥作为基肥放在根部外围，注意不要与根系接触。生物有机肥施入土层不宜过深，因为其活性需要在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现，施入太深会影响生物肥活性。