秸秆还田过多会导致腐熟不彻底，影响作物扎根，并可能引起烧苗现象。此外，春季雨水不足时，秸秆还田过多可能会导致无法保证全苗。由于秸秆还田量过大或分布不均匀，土壤微生物与作物幼苗之间可能会发生养分争夺，导致黄苗、死苗甚至减产等问题。
