洋葱常见病害有霜霉病、紫斑病、灰霉病、炭疽病、萎缩病和软腐病等。在洋葱生长过程中容易出现的虫害主要有葱潜叶蝇、葱蓟马、葱蝇、根蛆和蚜虫等。药剂防治用10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液和2%宁南霉素水剂500倍液喷雾2次，既可防蚜虫、蓟马风险，又可节制由其传毒引发的黄矮病；1-2叶期用3.2%恶霉·甲霜（含2.6%恶霉灵、0.6%甲霜灵）水剂800倍液和25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液喷雾防治猝倒病、立枯病，7天后再喷一次；初病发时用爱苗（30%苯醚甲·丙环乳油）3000倍液喷雾防治炭疽病，用50%腐霉利可湿性粉剂1000倍液喷雾防治灰霉病，10天后再喷一次。