茼蒿根腐病常在根茎部发病，初期植株稍萎蔫，根茎部变为褐色至黑褐色，表皮湿腐并略凹陷。湿度大时，病部会生出稍带粉红色的霉状物，这是病菌的分生孢子梗和分生孢子。病情严重时，植株约半个月左右即枯死。此外，茼蒿根腐病也会先在根部近地处产生水渍状斑点，导致植株萎缩致死。
