柑橘黄龙病难以防治的原因主要包括：首先，该病是一种全株系统性病害，影响根、树干、枝、叶、花、果等部位，特别是根部，药剂难以有效到达，目前尚未发现特效农药，一旦感染只能挖除。其次，柑橘苗木的培育和销售缺乏许可证制度，导致大量带病苗木流入市场，造成病害远距离、大范围传播，而优质无病苗木因成本高难以推广。最后，柑橘种植分散，管理不统一，无法有效防治柑橘木虱，且新种果园与感病老果园无法有效隔离，即使种植无病苗木也难以避免黄龙病的传播。
