辣椒枯萎病于发病初期植株下部叶片大量脱落，与地面接近的茎基部皮层呈现水渍状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎。有时病部只在茎的一侧发展，形成一条纵向的条状坏死区，后期全株枯死。部分病株地下部根系也呈现水渍状软腐，皮层极易剥落，木质部变成暗褐色至煤烟色。在湿度大的条件下病部常产生白色或蓝绿色的霉状物。辣椒枯萎病发生时，叶片自下而上逐渐变黄，大量脱落。地下根系呈水浸状软腐，从茎基部纵剖，可见维管束变为褐色。
