在病稻谷和病稻草上越冬的病菌是水稻细菌性条斑病的主要初侵染源，带菌种子的调运是病害远距离传播的主要途径。病菌不能通过土壤越冬，病稻秆在田间沤烂后，病菌在短期内死亡。该病主要为害叶片和叶鞘，病菌通过灌溉水和雨水接触秧苗，从气孔或伤口侵入，在叶片任何部位形成条斑。田间湿度大时，病斑上溢出菌脓，借风雨、露滴、水流及叶片接触传播，进行再侵染，使病害不断扩展蔓延。叶鞘发病形成黄褐色短条斑，天气湿润时也可出现大量菌脓。水稻生长前、后期都易感染，感病品种在适宜条件下幼苗期即可显现症状，但一般在分蘖后，特别是在孕穗、抽穗阶段才发现。高温、高湿、多雨是病害流行的主要条件，台风、暴雨、偏施氮肥或使用偏迟有利于病害发生。