如果玉米本身有病菌、虫害，秸秆还田会将病菌埋伏地下，容易诱发下茬庄稼再生病害。秸秆过多直接还田，腐熟速度慢，影响下茬庄稼发芽、生根。秸秆还田会对下田劳作人员的安全造成威胁，增加刺伤刺破脚的风险。病株残体遗留田间，病原菌及虫基数增加，病虫害发生几率加大。玉米秸秆腐烂时会滋生大量细菌，加剧土壤中的病虫害。秸秆未充分发酵，病株带菌带虫卵，加大病虫害发生；秸秆太长或未腐熟，影响耕作，透气性大影响种子发芽。秸秆在土壤中腐化不了会造成病虫害藏身，不利直根发育生长。秸秆还田可减少环境污染，增加土壤有机质，改善作物品质，但土质疏松，未腐有机质多，不利种子发芽长根，与作物争氮。