甜瓜猝倒病病原菌为瓜果腐霉和德里腐霉，均属鞭毛菌亚门真菌。在CMA培养基上菌丛白色绵毛状，菌丝体发达，具分枝，无隔膜，菌丝宽3-7微米。游动孢子囊顶生，膨大成形状不规则的姜瓣状，萌发后形成球状泡囊，泡囊内含游动孢子8-29个，游动孢子肾形双鞭毛，休止时呈球状，大小11-12微米。藏卵器顶生球状，无色，大小18-36微米，雄器同丝或异丝生，近椭圆形。卵孢子球形光滑，不满器，浅黄色，直径17-28微米。甜瓜猝倒病的症状为幼苗基部呈水浸状，倒伏，缢缩，随病情发展，引发幼苗成片倒伏。
